বাঘাইছড়ি উপজেলা এলাকা পূর্বে রিজার্ভ ফরেস্ট ছিল। এর অধিকাংশ এলাকা কাচালং ও মাচালং নামে পরিচিত।
১৯৬০ সালে কাপ্তাই জলবিদ্যুৎ এর কাঁধের কাজ শেষ হওয়ার পর রাঙ্গামাটি শহরের আশে-পাশের নীচু অংশের এবং রাঙ্গামাটি, বরকল, লংগদু, বিলাইছড়ি, জুরাছড়ি, নানিয়ারচর এবং কাপ্তাই এ ৭টি এলাকায় অধিবাসীবৃন্দকে পাকিস্তান সরকার কাচালং নদীর দুই পাশে তাদের অনিচ্ছা সত্ত্বেও কাচালং এলাকায় পূর্ণবাসিত করে। সে কারণে ১৯৬৩ সালে প্রায় দশ হাজার চাকমা অধিবাসী ভারতের বিভিন্ন অংশে চলে যায়। বাঘাইছড়ি এলাকা পূর্বে রামগর মহকুমার দীঘিনালা থানার অধীনে ছিল। অত্র এলাকার অধিবাসীদের পায়ে হেঁটে দীঘিনালা আসা-যাওয়া অনেক কঠিন এবং সময় সাপেক্ষ হওয়াতে ১৯৬৮ সালের ৮ই আগাস্ট রাঙ্গামাটি সদর মহকুমার আওতায় বাঘাইছড়ি থানা প্রতিষ্ঠিত হয়। পরবর্তীকালে ১৯৬৩ সালে ২৪শে মার্চ তারিখে থানাকে উপজেলায় উন্নীত করা হয়। এই উপজেলায় কাচালং এলাকা গভীর অরণ্যে ঢাকা ছিলো বলে এখানে বাঘের উপদ্রব বেশি ছিল। সে সাথে এ উপজেলার বিভিন্ন পাহাড়ী ছড়া থাকায় এর নামকরণ করা হয় বাঘাইছড়ি।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস